- Un consorcio internacional liderado por el IBV-CSIC desarrolla un método genómico para predecir la resistencia de Helicobacter pylori a claritromicina y levofloxacino.
- La técnica sustituye gran parte del cultivo tradicional, mejora la precisión diagnóstica y reduce tiempos y costes.
- El catálogo de mutaciones permite adaptar tratamientos y vigilar la resistencia a escala global con notables diferencias regionales.
- La expansión de la secuenciación en hospitales europeos tras la covid-19 facilita la implantación clínica de este enfoque.
Un grupo de investigadores liderado desde el Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC) ha desarrollado un método basado en la secuenciación del genoma que permite anticipar con gran exactitud si la bacteria Helicobacter pylori será resistente a algunos de los antibióticos más usados en su tratamiento. Esta estrategia abre la puerta a terapias más personalizadas y eficaces, evitando en lo posible los fracasos terapéuticos que hoy en día siguen siendo frecuentes.
La bacteria coloniza el estómago de más de la mitad de la población mundial y causa una de las infecciones crónicas más comunes en humanos. La mayoría de las personas infectadas no llega a notar síntomas, pero en un porcentaje nada despreciable provoca gastritis, úlceras pépticas y, con el tiempo, un mayor riesgo de cáncer gástrico y de un tipo infrecuente de linfoma estomacal. Poder saber de antemano cómo responderá al tratamiento se ha convertido, por tanto, en una prioridad sanitaria. Su interacción con el microbioma intestinal influye en la respuesta del huésped.
Una infección muy frecuente con tratamientos que fallan con demasiada frecuencia
Aunque el abordaje estándar frente a H. pylori combina varios antibióticos con fármacos protectores de la mucosa gástrica, no siempre se consigue erradicar la infección. Los datos del equipo indican que en torno a un 25 % de los tratamientos fracasan, en gran medida porque la bacteria ya es resistente a alguno de los antibióticos incluidos en la pauta.
Para millones de pacientes, estos fallos se traducen en repetición de tratamientos, más efectos adversos y un riesgo mantenido de complicaciones digestivas. En la práctica clínica europea, y también en España, es relativamente habitual que una misma persona deba afrontar varias líneas terapéuticas hasta conseguir eliminar la bacteria, con el impacto que ello supone para el sistema sanitario y el acceso a medicamentos.
Detrás de muchos de estos tropiezos está la dificultad para saber con precisión, antes de empezar, si la cepa concreta de Helicobacter pylori es sensible o no a los medicamentos prescritos. Hasta ahora, la herramienta de referencia para medir esa sensibilidad ha sido el cultivo bacteriano en laboratorio, una técnica tan clásica como complicada en este microorganismo.
En el caso de H. pylori, lograr un cultivo viable exige condiciones muy específicas y mucho tiempo, y aun así los resultados pueden variar de un laboratorio a otro. Esa falta de reproducibilidad ha sido un obstáculo importante para utilizar la información sobre resistencias de forma sistemática en la consulta. La necesidad de alternativas se refleja en avances en el diagnóstico microbiano.
Del cultivo al ADN: la secuenciación genómica entra en escena
Para sortear estas limitaciones, el consorcio internacional coordinado desde el IBV-CSIC y el National Reference Center for Campylobacters and Helicobacters de Francia ha optado por cambiar de enfoque: en lugar de centrarse en cómo se comporta la bacteria frente a los fármacos en una placa de cultivo, se fija en las mutaciones de su genoma que se asocian a resistencia.
El método, descrito en la revista The Lancet Microbe, se basa en la secuenciación completa o casi completa del ADN bacteriano para localizar alteraciones concretas vinculadas a la falta de respuesta a dos antibióticos clave: claritromicina y levofloxacino. Estas moléculas son pilares de muchas pautas terapéuticas frente a H. pylori, tanto en Europa como en otras regiones del mundo.
Tal como explica el profesor de investigación del CSIC en el IBV, Iñaki Comas, la técnica requiere confirmar primero que la bacteria está presente en la muestra del paciente, pero una vez obtenido ese cultivo inicial no hacen falta más pasos de laboratorio para determinar la resistencia. A partir del material genético se identifican las mutaciones asociadas a resistencia, lo que reduce tiempos, costes y errores respecto a las pruebas tradicionales.
El equipo investigador señala que, en los análisis realizados, este enfoque ha permitido predecir con gran precisión la resistencia a claritromicina y levofloxacino, hasta el punto de hablar de exactitud prácticamente total en la capacidad de discriminación. El trabajo ha contado con la participación destacada de científicos como Álvaro Chiner (Fundación Fisabio) y Francisco José Martínez (IBV-CSIC), entre otros.
Según detalla Chiner, una de las mayores ventajas es que el sistema se muestra más exacto y reproducible que las técnicas de cultivo habituales. Los problemas de variabilidad entre laboratorios y las dificultades técnicas para que la bacteria crezca dejan de ser un cuello de botella, lo que se traduce en diagnósticos más homogéneos y comparables entre distintos centros.
Un catálogo global de mutaciones y un mapa de resistencias
Con la información genómica acumulada, el consorcio ha elaborado un catálogo de mutaciones genéticas que permite decidir, mediante un único análisis de ADN, si una cepa de Helicobacter pylori presenta resistencia a claritromicina y/o levofloxacino. Este listado funciona como una especie de “guía de lectura” para interpretar el genoma de la bacteria.
Además de su utilidad individual para cada paciente, este catálogo ha servido para estimar la prevalencia mundial de las resistencias, revelando diferencias muy acusadas entre regiones. Los resultados confirman que la evolución de la bacteria y el patrón de uso de antibióticos en cada zona del planeta van de la mano.
En el sudeste asiático, por ejemplo, el estudio muestra que el 51,2 % de las cepas analizadas es resistente a la claritromicina, mientras que la resistencia a levofloxacino se mantiene por debajo del 13 %. En el sur de Asia la relación se invierte: más de la mitad de las cepas resultan resistentes a levofloxacino, pero menos del 5 % presenta resistencia a la claritromicina. Factores ambientales como los microplásticos pueden favorecer la expansión de cepas resistentes en distintos ecosistemas.
Estos contrastes ilustran hasta qué punto un tratamiento estándar puede ser inadecuado si no se tiene en cuenta el contexto geográfico y el perfil genético de la bacteria en cada región. En Europa y España, disponer de datos actualizados permitirá ajustar mejor las recomendaciones clínicas y evitar el empleo sistemático de antibióticos con alta probabilidad de fallo.
Los investigadores subrayan que esta información no solo ayuda en el ámbito clínico, sino también en la vigilancia epidemiológica de la resistencia a antibióticos. Contar con un mapa detallado de cómo cambian las mutaciones y las resistencias con el tiempo es clave para diseñar políticas de uso racional de antimicrobianos y frenar la expansión de cepas problemáticas.
Aplicación en hospitales europeos y papel de la pandemia
Uno de los aspectos que destacan los autores es que la propuesta es escalable y aplicable a nivel global, y puede integrarse en plataformas de diagnóstico genómico que ya funcionan en numerosos hospitales. En Europa, la implantación de tecnologías de secuenciación se aceleró durante la pandemia de covid-19, cuando muchos centros sanitarios invirtieron en equipos para seguir la pista a las variantes del SARS-CoV-2.
Ese salto tecnológico abre ahora la posibilidad de reutilizar parte de esa infraestructura para incorporar el análisis genómico de Helicobacter pylori en la práctica clínica habitual. Desde el punto de vista organizativo, se trataría de aprovechar equipos y flujos de trabajo que ya forman parte del día a día de los laboratorios de microbiología y genética.
Para los sistemas de salud europeos, y particularmente para países como España, la posibilidad de saber antes de empezar el tratamiento si la bacteria será resistente puede tener un impacto directo en la eficiencia: menos líneas de tratamiento, menos ingresos derivados de complicaciones y un menor consumo innecesario de antibióticos.
El método se plantea también como una herramienta útil para orientar futuras estrategias terapéuticas, tanto en la elección de combinaciones de fármacos como en el desarrollo de nuevos antibióticos o regímenes de tratamiento más adaptados a cada región.
A largo plazo, el equipo confía en que la generalización de este tipo de análisis contribuya a reducir los fracasos terapéuticos y a mantener bajo control las infecciones por H. pylori, que siguen siendo una causa importante de enfermedad digestiva en Europa y en el resto del mundo.
Un esfuerzo internacional con fuerte participación española
El proyecto forma parte de un consorcio internacional financiado y coordinado por Constanza Carmago, del Instituto Nacional del Cáncer de Estados Unidos, e integra a instituciones de España, Francia, Japón y Estados Unidos. Esta red multidisciplinar ha permitido reunir muestras y datos de múltiples regiones, lo que ha sido esencial para construir el catálogo de mutaciones y el mapa global de resistencias.
En el ámbito europeo, la participación española ha sido especialmente relevante. Junto con el IBV-CSIC, ha tenido un papel destacado la Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana (Fisabio), que colabora estrechamente en el desarrollo y validación del método.
La financiación ha contado con el respaldo del Consejo Europeo de Investigación (ERC) y del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades, entre otras entidades públicas. El laboratorio de Iñaki Comas en el IBV-CSIC está integrado en el CIBER de Epidemiología y Salud Pública del Instituto de Salud Carlos III y en la Plataforma Temática Interdisciplinar Salud Global del CSIC, lo que refuerza el enfoque colaborativo y traslacional del trabajo.
Para los investigadores, este tipo de iniciativas muestra cómo la colaboración entre centros de distintos países permite abordar problemas de salud que trascienden fronteras, como es el caso de la resistencia a antibióticos. La experiencia acumulada podría servir de modelo para aplicar enfoques similares a otras bacterias implicadas en infecciones crónicas.
El nuevo método basado en la secuenciación genómica sitúa a la investigación española y europea en una posición destacada en el campo de la resistencia antimicrobiana y apunta hacia una medicina digestiva más precisa, donde conocer el genoma de la bacteria que habita en el estómago del paciente ayudará a elegir desde el principio el tratamiento con más probabilidades de éxito y a frenar, al mismo tiempo, la expansión global de las cepas resistentes.
